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医学微生物专栏 | 近期最值得看的研究成果盘点（20210528）( 四 )



摘要：当合成微生物系统变得越来越复杂时 ， 单菌株系统无法与多细胞系统相匹敌 。 然而 ， 这种复杂性要难以控制得多 。 最近的研究进展提高了我们调控时间、空间和群落组成组织的能力 ， 包括模块化黏附系统、应变生长关系和不对称细胞分裂等 。 虽然这些系统通常都是独立用于研究 ， 同时 ， 将它们整合形成统一的系统是十分困难的 。 但一旦这种统一系统被证明是成功的 ， 我们将打开一个合成生物学的新边疆 ， 一个真正的多细胞合成生物系统的新大门 。
关键字：微生物联合 ， 调控 ， 合成生物学

亮点：1. 单应变系统在效率和应用复杂性上均优于多细胞系统；
微生物联盟具有巨大的潜力 ， 但难以控制 。 本综述将控制策略分解为空间、时间和组成等方面；
2. 研究人员利用细胞分裂过程中质粒的划分来创造出一种微生物分化的版本 ， 通过将感兴趣的质粒的所有拷贝相互结合 ， 产生缺乏质粒的子细胞；
3. 一种由许多不同的和正交的粘连素对组成的细菌粘附素工具体系 ， 可以使粘附驱动的几种不同模式进行自组装；
4. 组成控制的改进直接使联合控制的其他领域取得了进展 。

原名：Control of synthetic microbial consortia in time, space, and composition
译名：对合成微生物联盟在时间、空间和组成上的调控
期刊：Trends in Microbiology
IF：13.546
发表时间：2021.05.07
通讯作者：Matthew R. Bennett
通讯作者单位：美国莱斯大学（Rice University）
DOI号：10.1016/j.tim.2021.04.001
原文链接：
综述 | Trends in Microbiology：微生物组医学中的因果推理：原理与应用
本文由Lu编译
在过去的十年里 ， 越来越多的证据阐明了各种微生物的强大功能 ， 寄生于哺乳动物皮肤和体腔的微生物在宿主的各种生理功能中起着重要作用 。 肠道微生物群失调与许多代谢、炎症、神经学、精神病学和自身免疫性疾病密切相关 。 因此 ， 揭示微生物群和疾病之间的关系至关重要 。 微生物群和疾病之间的因果关系可以通过计算方法建立 ， 微生物群与疾病的直接因果关系可以通过干预主义框架进行评估 。 另外 ， 对微生物与疾病的因果关系的评估 ， 以及微生物相关的基因变异的评估有助于实施个性化饮食干预 。 近日 ， 华中农业大学信息学院农业生物信息学湖北省重点实验室的张红雨教授团队于2021年4月21日在Trends in Microbiology发表题为《Causal Inference in Microbiome Medicine: Principles and Applications》的综述 ， 本文综述了微生物群和多种疾病之间的密切联系 ， 介绍了计算方法因果推理的原理 ， 然后讨论了这些方法在微生物医学中的应用 ， 展示了微生物靶向治疗的潜在因果关系 。 总之 ， 在微生物学医学中 ， 能够提供可靠和一致的证据来支持微生物-疾病因果关系的方法应该成为未来研究的重点 。

摘要：寄生于哺乳动物皮肤和体腔的微生物在宿主的各种生理功能中起着重要作用 。 许多研究已经揭示了微生物群和多种疾病之间的密切联系 。 然而 ， 联系并不意味着因果关系 。 为了阐明微生物介导的疾病的机制 ， 研究正从关联分析转向因果研究 。 本文首先介绍了因果推理的计算方法的原理 ， 然后讨论了这些方法在微生物医学中的应用 。 此外 ， 本文通过干预主义框架来检验理论推断的因果关系的可靠性 。 最后 ， 本文展示了微生物靶向治疗的潜在因果关系 ， 特别是个性化饮食干预 。 本文得出结论 ， 全面了解饮食、微生物群、宿主目标和疾病之间的因果关系对未来的微生物群医学至关重要 。

原名：Causal Inference in Microbiome Medicine: Principles and Applications
译名：微生物组医学中的因果推理：原理与应用
期刊：Trends in Microbiology
IF：13.546
发表时间：2021.04.21
通讯作者：张红雨
通讯作者单位：华中农业大学信息学院 ， 农业生物信息学湖北省重点实验室
DOI号：10.1016/j.tim.2021.03.015
原文链接：
Gut Microbes科研| Gut Microbes：神经性厌食症患者的肠道菌群和代谢物
本文由大头虾编译
捷克科学院微生物研究所细胞和分子免疫学实验室的Petra Prochazkovav等人于2021年3月28日在Gut Microbes发表题为《The intestinal microbiota and metabolites in patients with anorexia nervosa》的文章 。 为了阐明肠道微生物群在AN病理生理学中的贡献 ， 该文章主要采用质谱（MS）和核磁共振（NMR）分析了AN患者营养恢复前后粪便标本的SCFA和神经递质水平 ， 并评估了生化、人体测量和心理测量的特征 ， 揭示了严重AN患者的肠道微生物群及其代谢物的变化 ， 为阐明脑-肠道微生物群相互作用提供珍贵资料 。

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