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医学微生物专栏 | 近期最值得看的研究成果盘点（20210528）( 二 )


方法：在接受宏基因组学研究的肝硬化门诊患者中 ， 我们评估了ARG丰度随病情发展的变化以及他们对90天住院和1年内死亡的多变量影响 。 在一项开放性试验中 ， 我们还研究了使用利福昔明之前和之后8周的ARGs在代偿性肝硬化中的作用 。 最后 ， 使用机器学习方法对来自CKD和糖尿病研究的ARG与肝硬化进行了比较 。
结果：研究包括163名肝硬化患者（43名代偿期肝硬化患者 ， 20名腹水患者 ， 30名HE患者 ， 70名两者都有）和40名对照 。 肝硬化患者的ARG丰度比对照组高 ， 并且随着肝硬化严重程度的增加而恶化 。 44名患者住院治疗 ， 14人死亡 。 在控制肝硬化并发症、药物和人口统计学的情况下 ， ARG丰度与住院和死亡率有关 。 利福昔明试验：在19例利福昔明治疗后的患者中 ， ARG丰度模式受到的影响最小 。 CKD/糖尿病比较：肝硬化的ARG丰度模式在机器学习中是可以区分的 ， 其中包括更多的革兰氏阳性的ARG 。
结论：与对照组相比 ， 肝硬化与肠道微生物ARG基因负担高有关 ， 它随着疾病的发展而恶化 ， 可能与CKD和糖尿病不同 。 ARG不受利福昔明的影响 ， 并与住院和死亡相关 。
关键词：腹水；肝性脑病；利福昔明；感染；机器学习

原名：Impact of Antibiotic Resistance Genes in Gut Microbiome of Patients with Cirrhosis
译名：抗生素抗性基因对肝硬化患者肠道菌群的影响
期刊：Gastroenterology
IF：17.373
发表时间：2021.4.20
通讯作者：Jasmohan S.Bajaj
通讯作者单位：美国弗吉尼亚联邦大学和中央弗吉尼亚退伍军人医疗保健系统肠胃病学、肝脏病学和营养学部
DOI号：10.1053/j.gastro.2021.04.013
原文链接：

医学微生物专栏 | 近期最值得看的研究成果盘点（20210528）
本文插图


图文摘要
Gut科研| Gut：饮食与肠道微生物间的相互作用对循环中TMAO浓度的影响：来自美国男性的纵向队列研究结果
本文由黑玉堂编译
肠道微生物能够代谢富含胆碱/ L-肉碱的食物（例如红肉）从而产生氧化三甲胺（TMAO） ， 较高的TMAO循环水平与心血管事件风险增高和不良代谢状态密切相关 。 然而 ， 既往有关微生物与TMAO的研究大都借助于实验性手段或生物信息学/生物化学方法 ， 欠缺在普通人群中的相关研究 。 美国哈佛大学陈曾熙公共卫生学院Qi Sun教授等人于2021年4月29日在Gut发表题为《Interplay between diet and gut microbiome, and circulating concentrations of trimethylamine N-oxide: findings from a longitudinal cohort of US men》的队列研究 ， 通过对307名健康男性间隔6个月收集的两次粪便和血液样本进行宏基因组和宏转录组等相关分析 ， 证实了在普通人群中饮食和肠道微生物间相互作用对循环TMAO水平和心血管代谢健康状况的影响 。

摘要：目的：肠道产生的氧化三甲胺（TMAO）被认为可能介导了红肉摄入和不良心血管代谢健康状态之间的关联 。 我们调查了在自由生活的个体中 ， 肠道微生物是否会影响食物前体与TMAO浓度间的相关性 ， 并对心血管代谢风险标志物造成影响 。
方案：我们从“男性生活方式验证研究”（Men’s Lifestyle Validation Study）中 ， 收集到了来自307名健康男性的成对粪便样本（n = 925）和血液样本（n = 473） ， 两次样本收集间隔6个月 。 采用食物频率问卷和饮食记录对饮食情况进行反复评估 。 采用鸟枪法测序对粪便的宏基因组和宏转录组进行分析 ， 确定微生物的分类和功能特征 。
结果：TMAO浓度与整体微生物构成相关（PERMANOVA检验 ， p = 0.001） 。 多变量全分类关联分析发现了10种细菌 ， 其丰富度与血浆TMAO浓度显著相关（FDR<0.05） 。 在一些个体中 ， 习惯性摄入更多红肉和胆碱与更高的循环TMAO浓度显著相关（p <0.05） ， 这些个体肠道中富含4种TMAO预测菌 ， 被视为“微生物TMAO生产者” ， 而在其他个体中则不存在这种相关性（对于红肉 ， P-interaction= 0.003；对于胆碱 ， P-interaction= 0.03） 。 在这些含量丰富的TMAO预测菌中 ， Alistipes shahii显著增强了红肉摄入量与HbA1c水平之间的正相关（P-interaction=0.01） 。 进一步分析显示某些功能特点（包括胆碱三甲胺裂解酶激活酶）与TMAO浓度存在相关性 。
结论：我们确定了与循环TMAO浓度相关的微生物 ， 这些微生物能够影响红肉摄入量与循环中TMAO浓度间的相关性 ， 并对心血管代谢风险标志物产生影响 。 我们的研究结果强调了饮食和肠道微生物之间通过相互作用产生具有潜在生物活性的代谢产物 ， 从而调节心血管代谢健康的功能 。

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