50亿美元背后，如何开发出更好的CDK抑制剂？

文 | 药疯
持续的增殖是肿瘤细胞的一个重要特征，因此阻滞肿瘤细胞周期，便成为了控制肿瘤发展的重要手段。细胞周期蛋白依赖性激酶（CDK），作为参与细胞周期调节的关键激酶，围绕该家族的抑制剂开发，已成为近年来肿瘤领域药物开发的重要分支，如较为成熟的CDK4/6抑制剂Palbociclib——2020年全球销量就已＞50亿美元。那么，围绕整个CDK家族抑制剂的开发，自然成为了药物研发的大热门。本文将综述CDK抑制剂的最新药物开发进展。
01CDK家族简介
CDK ，属于丝/苏氨酸蛋白激酶家族，目前已报道有20个不同的家族亚型，均含有一段PSTAIRE的同源序列，并通过该序列与相应的调节亚基-细胞周期蛋白（cyclin）结合形成有活性的异源二聚体，参与转录、代谢、神经分化和发育等生理过程。
依据功能分类：

一类CDK参与细胞周期调控，主要包括CDK1、CDK2、CDK4、CDK6等；
一类CDK参与转录调节，主要包括CDK7、CDK8、CDK9、CDK10、CDK11等。

本文插图

图片来源：《药学进展》
在肿瘤细胞中， cyclin过表达或过度活化、CDKI活性被抑制、上游分裂信号持续激活等都会引起CDK的活性改变，参与肿瘤的发生发展。由于CDK活性为细胞分裂所必需，而在肿瘤细胞中又常有CDK活性增强，因此长期以来， CDK一直被认为是抗肿瘤及其他增殖失调疾病药物研发的较好靶点。当前，已获批上市的CDK抑制剂主要为CDK4/6抑制剂，其他亚型已有众多进入到临床开发。 （PS：全球近1/3的CDK抑制剂临床试验是关于CDK4/6开展的，详见下图）

【50亿美元背后，如何开发出更好的CDK抑制剂？】

本文插图

图片源：Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters
参考：doi.org/10.1016/j.bmcl.2019.126637
02CDK家族抑制剂开发策略
过去的10年， CDK抑制剂的开发取得了巨大的进展。该领域药物的发现，除了可逆ATP竞争/非竞争抑制剂，还发展了共价结合形式的不可逆ATP竞争抑制剂、可逆/不可逆的变构抑制剂、CDK降解等多种途径的药物开发，为该领域的药物发现提供了众多进展性的思路。
最早开发的CDK抑制剂为泛CDK抑制剂，如flavopiridol、seliciclib 。但由于多靶点活性导致了疗效和安全性存在了矛盾，从而大大限制了临床开发，后也因此逐渐发展为更具选择性的抑制剂，如milciclib、dinaciclib、CYC-065、AT751978 。
标准ATP口袋外部半胱氨酸和赖氨酸残基的存在，将研究者的注意力转移到了共价抑制剂的开发， 2017年首个CDK共价抑制剂SY-136585进入了临床研究。而对于非竞争性ATP抑制剂，虽有部分报道，但该领域的进展相对还是缓慢。另一类药物，拟肽类近年来略开始发力，如MM-D37K已进入临床试验，关注度相对较高。再一类就是CDK靶向蛋白降解，如近年来逐渐被验证的PROTAC或ADC药物，也正在逐渐显示优势，如针对CDK11开发的的ADC 。

本文插图

图2.1 CDK抑制剂作用模式
图片源：Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters
03变构&共价&降解&可逆
☆ 变构抑制剂
当前主要还是处于临床前阶段。通常，在充满ATP竞争性可逆或不可逆抑制剂的领域中，需要提高药效来提升品种竞争力；很少有通过CDK的靶向变构位点来进行上述提效工作。 acrylamide-1 ，可以共价变构键合野生型CDK2的半胱氨酸位点，但不能作用突变型CDK2（Cys177A）；且晶体学证明acrylamide-1共价于半胱氨酸177 ，而配体结合到与CDK结合界面相邻的浅口袋中，与色氨酸和蛋氨酸相互作用。

本文插图

☆ 共价抑制剂
共价结合的CDK抑制剂，绝对为近年来开发的热点，通常可实现更高的活性和选择性，从而导致更持久的治疗效果，并可能减轻严重的副作用。 2014年， THZ1被开发为CDK家族的第1个共价抑制剂，其具有CDK7/12/13的抑制效果，在体外和体内均抑制了依赖于致癌SEs的肿瘤类型，例如骨肉瘤，食道鳞状细胞癌，成人T细胞白血病， MYCN扩增型神经母细胞瘤，黑色素瘤或小细胞肺癌；当然，作用位点仍然为丙烯酰胺与半胱氨酸。通过进一步的SAR优化，得到了化合物THZ531 ，也由此显著提升了对CDK12/13的活性和选择性。